רפי נולד בפריז ב-1929 כשהוריו, ורד ומשה מוקדי, התגוררו שם. זמן קצר אחרי שנולד נפרדו הוריו, ורפי ואמו חזרו לארץ. אמו, ורד, גידלה אותו לבדה – דבר לא פשוט באותם ימים. מאמציה הטביעו את חותמם על רפי ועיצבו אותו כאדם מסור ונאמן. הוא הבטיח לעצמו שהמשפחה שיקים תהיה משפחה במלוא מובן המילה.
הוא התחתן עם שושנה וינשטיין בתום לימודיהם באוניברסיטה ובשנים הבאות נולדו שלושת ילדיהם: ארנה, עפר ודן.
דרכו כמדען בתחום הקרקע והמים התאפיינה בחשיבה מקורית, דיוק ויושרה בלתי-מתפשרת. במרץ אינסופי שיפר ושכלל את חקר הקרקע בארץ על-ידי יישום גישות וכלים חדשים. בהתלהבותו סחף בעקבותיו סטודנטים ומדענים כאחד.
רפי גם הירבה לצאת לשירות מילואים מתוך תחושת מסירות למדינה ואחריות כלפי אנשי חטיבה 8 איתם שירת. עם השנים הגיע לתפקיד מפקד פלוגת-הסיור החטיבתית.
האחריות, המסירות והיושרה שאפיינו את רפי באו לידי ביטוי במלוא עוצמתן ב-9 ביוני 1967, בקרב הפריצה לרמת-הגולן – הקרב שבו הוא נפגע.
